ในน้ำธรรมชาติมักจะมีสิ่งเจือปนอยู่เป็นจำนวนมาก โดยสิ่งเจือปนหลักๆ ที่ส่งผลกระทบต่อหม้อไอน้ำ ได้แก่ สารแขวนลอย สารคอลลอยด์ และสารที่ละลายอยู่
1. สารแขวนลอยและสารทั่วไปประกอบด้วยตะกอน ซากสัตว์และพืช และสารรวมโมเลกุลต่ำบางชนิด ซึ่งเป็นปัจจัยหลักที่ทำให้น้ำขุ่น เมื่อสิ่งเจือปนเหล่านี้เข้าไปในตัวแลกเปลี่ยนไอออน พวกมันจะทำให้เรซินแลกเปลี่ยนปนเปื้อนและส่งผลกระทบต่อคุณภาพของน้ำ หากเข้าไปในหม้อไอน้ำโดยตรง คุณภาพของไอน้ำจะเสื่อมลงได้ง่าย สะสมเป็นโคลน อุดตันท่อ และทำให้โลหะร้อนเกินไป สามารถกำจัดของแข็งแขวนลอยและสารคอลลอยด์ได้โดยการบำบัดเบื้องต้น
2. สารละลายส่วนใหญ่หมายถึงเกลือและก๊าซบางชนิดที่ละลายอยู่ในน้ำ น้ำธรรมชาติ น้ำประปาที่ดูบริสุทธิ์มากยังมีเกลือละลายอยู่หลายชนิด เช่น แคลเซียม แมกนีเซียม และเกลือ สารแข็งเป็นสาเหตุหลักของการเกิดตะกรันในหม้อไอน้ำ เนื่องจากตะกรันเป็นอันตรายต่อหม้อไอน้ำมาก การกำจัดความกระด้างและป้องกันตะกรันจึงเป็นหน้าที่หลักของการบำบัดน้ำในหม้อไอน้ำ ซึ่งสามารถทำได้โดยการบำบัดทางเคมีภายนอกหม้อไอน้ำหรือการบำบัดทางเคมีภายในหม้อไอน้ำ
3. ออกซิเจนและคาร์บอนไดออกไซด์มีผลต่ออุปกรณ์หม้อไอน้ำเชื้อเพลิงในก๊าซที่ละลายเป็นหลัก ซึ่งทำให้เกิดการกัดกร่อนของออกซิเจนและการกัดกร่อนของกรดในหม้อไอน้ำ ไอออนออกซิเจนและไฮโดรเจนยังคงเป็นตัวทำให้โพลาไรเซอร์มีประสิทธิภาพมากกว่า ซึ่งเร่งการกัดกร่อนทางเคมีไฟฟ้า เป็นหนึ่งในปัจจัยสำคัญที่ทำให้เกิดการกัดกร่อนของหม้อไอน้ำ ออกซิเจนที่ละลายสามารถกำจัดออกได้โดยเครื่องกำจัดอากาศหรือการเติมยาลด ในกรณีของคาร์บอนไดออกไซด์ การรักษาค่า pH และความเป็นด่างของน้ำในหม้อให้อยู่ในระดับที่เหมาะสมสามารถขจัดผลกระทบของคาร์บอนไดออกไซด์ได้